پژوهشکده خلیج فارس در تاریخ 13/11/1375 در شورای گسترش آموزش عالی، با نام مرکز مطالعات و پژوهشهای خلیج فارس به دنبال رسالت های پژوهشی دانشگاه و با هدف تحقیق در زمینه پژوهشهای بنیادی و کاربردی علوم زیستی دریایی و مسائل زیست محیطی و مطالعات تاریخی خلیج فارس در دانشگاه خلیج فارس بوشهر تاسیس و پس از آن در تاریخ 22/04/1392 به پژوهشکده ارتقا یافت.
این مجموعه یکی از مراجع علمی پژوهشی در منطقه جنوب کشور بوده که با انجام امور پژوهشی در زمینه شاخه های گوناگون علوم دریایی بویژه مطالعات زیست محیطی، بیوتکنولوژی و موضوعات اجتماعی تاریخی هم اکنون در حال همکاری با بسیاری از ارگانهای اجرایی و پژوهشی منطقه جنوب و سایر نقاط کشور است.
اهداف و برنامه ها:
شکی نیست که تحقیقات و فناوری به واسطه نقشی که در تولید دانش نو دارد از سهم قابل توجهی در تسریع و تسهیل توسعه پایدار کشور برخوردار است. بنابراین، اتخاذ راهبردهای کارآمد و اثربخش جهت توسعه کیفی آن در کنار توسعه کمی ضرورت دارد. در این راستا نقش برنامه ریزی راهبردی انکار ناپذیر است. بر این اساس پژوهشکده خلیج فارس اقدام به تدوین سند راهبردی و تدوین ماموریت بلند مدت خود نموده است. اهداف کلان پژوهشگاه خلیج فارس که نشاندهنده جهتگیریهای کلی پژوهشگاه هستند، در چهار حوزه تدوین شده اند. این اهداف موفقیت در عرصههای آموزشی، پژوهش و فناوری،زیرساختی و همکاریهای ملی و بینالمللی و ایجاد برند را تضمین مینماید.